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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">The Allen Institute for Brain Science has recently achieved some modeling milestones, which we are happy to share with the community.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">1. Our paper about a biologically-realistic,
<b>data-driven model of the Layer 4 of mouse V1</b> has been published: <a href="https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1006535">
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1006535</a>.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">As reported in the paper, simulations of the 45,000-neuron model reproduced a variety of experimental observations, including effects of optogenetic perturbations.  Insights into the mechanisms underlying
 patterns of activity and computations in the Layer 4 circuit were obtained.  And, the model was developed and simulated employing both the biophysically detailed and point-neuron levels of resolution.  The model and results of simulations are freely available
 to the community.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">2. We publicly released our <b>
software suite for model building and simulations, the Brain Modeling ToolKit (BMTK)</b>:
<a href="https://alleninstitute.github.io/bmtk/">https://alleninstitute.github.io/bmtk/</a>.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">This Python-based tool provides a powerful environment for building neuronal circuit models and a standardized interface for simulations, which interacts with other excellent tools, such as NEURON, NEST, and
 others.  The interface allows one to harness the power of these existing tools for large-scale network simulations, while keeping the need for software coding to the minimum.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">3. <b>The Allen Institute website now features a section on Computational Modeling and Theory</b>:
<a href="http://portal.brain-map.org/explore/models">http://portal.brain-map.org/explore/models</a>.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">This site contains information and data from our published modeling papers (including the one above, but also others) and modeling software.  Please visit the site and use our resources for your work!<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">We hope that these tools and data will be useful for you and are looking forward to questions and feedback.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt">Anton Arkhipov<o:p></o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Associate Investigator<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><a href="mailto:antona@alleninstitute.org">antona@alleninstitute.org</a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">T: 206.548.8414<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><a href="http://www.alleninstitute.org">www.alleninstitute.org</a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
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